阿笠博士曾经在无意中透露出与灰原父亲一直很熟，那就不难让人推测出，他们二人说不定曾经共事的事实！

　　事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。

　　其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。

　　

　　青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。

　　首先boss不是阿笠博士，这个作者已经亲口否认了，第二，作者证实过boss不是魔术快斗的人物，而且后期会大大降低怪盗基德参与主线剧情的戏份，所以猜黑羽盗一的基本也能否定了。第三，作者说过boss是以前曾经出现过的人物。第四，boss喜欢酒，非常聪明，对警方的一系列行动基本了如指掌有所准备，年龄基本肯定大于45岁，因为贝尔摩德是boss宠爱的对象，贝姐则很可能是超过40岁的老女人，现在只是变年轻了，贝姐可是早年跟黑羽盗一成为朋友的人。综上所述，我猜测boss是FBI的那个老头

　　首先阿笠博士已经被73老师否定了，我想73不会做那种自打嘴巴的事。然后，谁是黑暗首脑其实不重要，只希望红黑最终碰撞时，主要人物别死掉。最后，由衷希望在有生之年柯南能完结，不留遗憾。

　　

　　这个Boss，首先来说，最不可能是柯南身边的人，因为黑衣人组织很重视这种毒药的研究，所以出了事一定会告诉Boss，所以这个Boss一定知道这种药会给部分人带来特别的效果，因此，如果这个Boss是柯南身边的人，就一定会发现柯南的特别之处，联想到药的问题，一定会暗中观察柯南，但是，柯南九百多集都没被发现，足以证明这个Boss不是柯南身边的人，我们自然无迹可寻。

　　

　　不过嘛，说到黑衣人组织，就不得不提一些关于这个神秘组织的细节。

　　一：代表该组织的颜色是黑色。

　　二：该组织极有可能分为几大党派。

　　三：该组织做事很干净，几乎不会留下痕迹。

　　四：该组织势力非常庞大，拥有多处房产和工厂。

　　五：或许该组织建立的初衷是造福人类……

　　六：该组织的保密工作做得非常好，而且只有组织高层可以知道组织首领的个人信息。

　　以上几点不明白的可以在评论里面问。

　　那么我们继续分析该组织的Boss……唔，小编个人认为，这个Boss最有可能是黑羽盗一。

　　原因：黑羽盗一以怪盗基德的形象出现时穿的是黑色的衣服，大家都知道，黑衣人组织的人行动一般都会穿黑色的衣服。另外，关于黑羽盗一的众多情节有矛盾，而唯一能解释这些的就是：他是黑衣人组织的老大。

　　我觉得不会是阿笠博士，因为如果他是，手下灌药的事不会不知道吧，新一还跑来找他，他还不停的帮新一，给他制作工具，还让新一追查组织，博士要是boss，那他跟自己组织对着干啊！再说了，博士是boss这个观点都已经否认了，毛利小五郎也被否认了！ 现在的热点是说铃木财团的人是boss，我在网上看到的一篇说美国也妄想控制组织，还有这个组织根日本的领导人有关系，这就是组织一直屹立不倒的原因，然而建立组织原因是一封遗书引起的，组织逼迫新一破解遗书的意思，以APTX4869的解药为诱饵，当新一破解出以后，那个领导人傻眼了。好像还有Gin要把柯南杀了，正好小兰来了，柯南（新一）向小兰表白，Gin开枪了，兰挡下了子弹，哀对此震惊不已，战斗结束以后，解药也就一颗，哀也失忆了。兰也昏迷不醒，服部建议柯南变回新一唤醒兰，当新一变回去的时候被步美看见了，那个夜晚偷偷去吻了新一，侦探团决定保守这个秘密。事后小五郎也表明其实早就知道柯南是新一了，只是没戳破罢了。然后新一的父母决定将兰和新一送往美国读大学，在机场上，每个人都很开心，只有哀转过身，看着自己和柯南的照片默默的流泪。 这就是我看见在网上发布的，大家可以去搜，反正有这么说的，我是新兰党，我知道这样的结局对柯哀党打击太大，但这不一定是真的！我只是在网上看的，可信度不大，柯哀党不要伤心(>_<)。

　　一楼这些说阿笠博士是 那位先生 的人你们SB吗，作者青山刚昌已经发表过声明，不是阿笠博士，你们不知道看看啊？

　　首先，我必须承认，我也不知道 那位先生 是谁，但是，我在这里重新回复下各位，那位先生的判定条件：

　　1.那位先生不是阿笠博士

　　2.那位先生很喜欢酒

　　3.那位先生是目前已经出场过的人物

　　由此推断，应该是漫画或者动画里出现过的，喜欢酒，且年龄在三十到五十岁的男子，应该还很有钱。

　　可惜我没时间去好好重新看一遍柯南，但是，我们可以从以上条件中，从动画里慢慢排除，就知道 那位先生 是谁了

　　目前为止，作者承认不是最终BOSS的人物有：少年侦探团（5人，算上小哀和柯南）、阿笠博士、工藤优作、阿笠定子（博士的姑姑，有在漫画中提到）、三水吉右卫门、芙莎绘·坎贝尔·木之下、妃英理、毛利兰、白鸟任三郎、詹姆斯·布莱克、铃木园子、工藤新一、青山刚昌。更详细的可搜索百度百科词条《那位先生》，里面有词条维护者根据官方消息写入的内容。

　　我个人觉得 有3个可能性 1.即使有人辟谣 但我还是觉得 阿笠博士 极有可能是最后boss 目前有4人吃过APTX4869 苦艾酒 外围妹妹 柯南 灰原哀 但只有苦艾酒一人成功 柯南 和 灰原哀吃完后 都变小了 而且灰原哀还是参与制作这个药的工程师 恰巧这两个人都在阿笠博士家 你说阿笠博士和黑暗组织没关系 谁信啊 2.黑羽 黑衣人里也有会伪装的 所以 黑羽也有可能性 但我认为可能行很小 3.其实我们都忽略了一个人 或 一个家族 那就是 铃木园子 铃木家族那么有钱 那么有实力 也许 Boos 就是铃木家族的人 因为作者说过 boss是之前出现过的人物 所以 我更怀疑 阿笠博士和铃木家族 医药技术可以让寿命延长 金钱与权力 可以满足人的内心欲望 如果把他俩联系在一起那是什么 永恒的权利……当然 还有一个我最不想看到的可能性 那就是 以上几百上千集的动画片 都是柯南的一个梦 就跟哆啦A梦的结局似的 ……

　　个人认为那个先生就是毛利小五郎。

　　正常人不可能毫无怨言的收留一个跟自己毫无关系并且完全不认识的陌生小孩子，我并不认为只凭阿笠博士小五郎就一点没怀疑。

　　几乎每一集小五郎都被柯南射中，并且醒后对自己破了案子完全没有怀疑。小五郎也是独立破过几次案子的，以前还是警察。如果不是为了配合柯南装傻，他再怎么粗心也是应该有所怀疑。

　　小五郎之所以把柯南留在身边没有杀掉一开始应该是为了观察药的副作用，到最后还没有杀掉柯南应该是为了自己的女儿小兰，大家应该都能体会到小五郎有多么爱自己的女儿小兰了吧！小兰跟柯南关系那么好，我不认为小五郎会让柯南（新一）死而让小兰伤心。小五郎没有告诉组织内部柯南就是新一的原因就是不想让组织下手。凡是跟组织有关的TV集毛利大叔基本都没有出场。组织很少找柯南麻烦可能就是因为在老大身边放心。而你们说的什么FBL的人个人觉得73可能完全没有想那么多。现在怀疑最大的还是毛利大叔

　　暮目警官是老大

　　1当时灰原去取磁带时不在其管理区域，暮目却快速赶到，而且那磁带作证以日本法律作证后必须在二十个工作日归还，要么灰原、博士瞒着柯南，要么警官有问题。

　　2每个常出场人物都有自己的番外一篇，就暮目没有。