两相与三相步进电机在应用时最大的区别是要不同的驱动器，市场上主要采用的是两相步进电机，三相步进电机+三相驱动器的整体成本要比两相高，而且同等规格的三相步进电机的出力要比两相小，但一般认为三相的平稳性要好，但对采用数字式的步进驱动系统如英纳仕EZM全数字驱动器而言，两相、三相在运行效果和控制精度方面没有区别。