连续性差、通达性差和航运设施落后是制约长江运能释放的“三大难题”。

　　长江干流通航里程为3640公里，而能够连续通航的里程只有2990多公里，占通航里程的82％。目前长江航运的绝大部分运量集中在长江中下游河段，这部分通航里程仅占干流通航总里程的49％。位于上游的钢铁重镇攀枝花市由于险滩阻隔，水运不能直达。

　　上游的云南东北部和四川西部虽然靠近长江，但大量的货物被拦断在上游。目前位于上游的西部地区对水运的依赖性最强，但由于上游航道不连续，水上运输受到严重制约。长江航道的通达性很差。干线航道总体上呈“两头深（上下游）、中间浅（中游）；两头通（上下游）、中间堵（中游）”的状况。中游航运整体上还处于自然状态，万吨级船队无法在枯水期重载运行，无法实现汉（武汉）渝（重庆）直达。

　　长江干流航运的基础设施老化问题十分突出，航道狭窄、港域不足。上游许多码头至今还在采用人挑肩扛的装卸方式，机械化程度低下。在长江行驶的船舶不仅船型杂乱、标准化程度低，而且动力的技术状态还停留在上世纪60～70年代世界航运发达国家的水平。船舶高能耗、高成本、低运量、慢速度的现状，严重制约着长江航运的发展。

　　南京至长江出海口431公里的12.5米深水航道全线贯通，5万吨级海轮可直达南京港，10万吨级海轮也可减载抵达，标志着长江经济带综合立体交通走廊建设取得重大进展。

　　随着武安段整治工程建成，长江武汉至安庆段航道可实现13000吨级内河船舶、10000吨级江海船舶直达武汉，为加快规划建设安庆港中心港区皖河农场作业区提供航道条件，也大大提升了安庆港口的辐射能力，促进了江海联运发展及口岸功能的提升，对推动长三角港航一体化发展具有十分重要的意义。

　　长江水深不等，最深处应该在三峡大坝处，正常蓄水深度有150米左右

　　一般主航道水深见下表：

　　宜 宾－－兰家沱 1.8米

　　兰家沱――娄溪沟 2.5米

　　娄溪沟－－羊角滩 2.7米

　　羊角滩－－白 尾 2.9米

　　白 尾－－武 桥 3.2米

　　武 桥－－皖河口 4.0米

　　皖河口――燕子矶 4.5米

　　燕子矶－－龙爪岩 10.5米

　　长江干线通行货船平均吨位为1007吨，三峡库区货船平均吨位达1600吨。